Tras el primer ciclo, en 1575 se le concedió la decoración de la Sala Grande, en el segundo piso. En 1564 la hermandad decidió decorar la Sala dell’Albergo, para lo que invitó a cuatro artistas a presentar bocetos para la decoración del techo: Paolo Veronese, Giuseppe Salviati, Federico Zuccari y Tintoretto. En esta sala realizó en primer lugar el techo, elaborado en 1564. Son todas pinturas al óleo sobre lienzo, de distintas dimensiones: en la parte central, de forma oval, figura San Roque en gloria, con unas dimensiones de 240 x 360 cm; en los cuatro ángulos del recuadro central, de forma triangular, hay cabezas de amorcillos; en los laterales, se hallan cuatro compartimentos ovales en la parte central flanqueados de ocho rectangulares, con diversas alegorías, de 90 x 190 cm; en las cuatro esquinas, tondos circulares de 90 cm de diámetro con alegorías de las cuatro estaciones; alrededor del techo, un friso con flores, frutos y amorcillos.
Cabe señalar que mientras trabajaba en la Sala Grande de la Scuola Tintoretto recibió el encargo de decorar la Sala de las Cuatro Puertas y la Sala del Colegio del Palacio Ducal de Venecia, destruidas en un incendio en 1574; sin embargo, delegó buena parte de estas obras en sus colaboradores, mientras que para la Scuola trabajó de propia mano, lo que demuestra su compromiso con la hermandad. Era una oferta generosa, que el artista ofreció «porque quiero demostrar el gran amor a la dicha veneranda Scuola y por la devoción que tengo al glorioso señor san Roque». La oferta fue aprobada el 2 de noviembre de 1577 y se formó una comisión de tres cofrades para supervisar el trabajo del artista.
En enero de 1577 pidió realizar los otros dos grandes espacios del techo (Moisés hace manar agua de la roca y La recolección del maná) y, en marzo, solicitó la ejecución del resto del techo. Su estilo se caracterizó por el dramatismo y teatralidad de la narración, los efectos espectaculares, los contrastes de iluminación, la gestualidad de las figuras, la intensidad emotiva y los fuertes escorzos de perspectiva, con una ejecución rápida, tensa, discontinua. El programa iconográfico, elaborado seguramente por un fraile de la institución, se basa en el Antiguo Testamento para el techo y en los Evangelios para las paredes, con una serie de temas que aluden asimismo a la actividad caritativa de la Scuola, ya que aparecen temas centrados en los tres azotes corporales de la humanidad (hambre, sed y enfermedades), tal como observó Henry Thode (Tintoretto, 1901). Aunque esta opinión es ampliamente aceptada, Rudolf Berliner (revista Kunstchronik, 1920), defendió que el programa no era preestablecido, «sino que fue cristalizando en la mente de Tintoretto a lo largo de su trabajo».
La principal obra, en el centro del techo, es La erección de la serpiente de bronce, un tema que prefigura todo el ciclo desarrollado posteriormente; según Tolnay, «la salvación y curación de la humanidad paciente a través de un milagro del Antiguo Testamento que es prefiguración de la redención de la humanidad a través del sacrificio de Cristo en la cruz». En el techo se encuentran tres grandes paneles centrales de forma rectangular: La erección de la serpiente de bronce (1575-1576, 840 x 520 cm), Moisés hace manar agua de la roca (1577, 550 x 520 cm) y La recolección del maná (1577, 550 x 520 cm). Los dos cuadros que la flanquean siguen también el ciclo de Moisés: Moisés hace manar agua de la roca centra su composición en la figura del profeta, que practica el milagro de hacer brotar agua de una roca, la cual sale en chorro y alude simbólicamente a la sangre que mana de las heridas de Cristo, mientras en la esquina superior derecha aparece de nuevo el Creador, en un escorzo de clara raíz miguelangelesca; La recolección del maná muestra a Moisés a la derecha en un brusco movimiento de giro que se contrapone con la figura de la izquierda, de un joven semidesnudo que levanta el cesto para recoger el alimento caído del cielo, mientras en la parte superior un toldo evoca la cortina del Templo de Jerusalén y el mantel de la Última Cena, debajo de un cielo luminoso donde aparece nuevamente el Eterno y la lluvia del maná en forma de hostias.
La coronación de espinas tiene su parte inferior recortada de forma triangular, ya que se halla sobre la puerta; presenta a Cristo como «Varón de dolores», con un verdugo que le pone un manto blanco manchado de sangre y flanqueado de un soldado con armadura y el gobernador Pilato. Las paredes las decoró entre 1566 y 1567, con seis lienzos al óleo: La subida al Calvario (515 x 390 cm) en la parte izquierda de la pared de entrada; La coronación de espinas (260 x 390 cm) en el centro de dicha pared, sobre la puerta; Cristo ante Pilato (515 x 380 cm) en la parte derecha de la pared de entrada; en las dos paredes laterales, dos figuras de profetas no identificados; y, en la pared frente a la entrada, La crucifixión (536 x 1224 cm). En septiembre de ese año se ofreció para realizar los lienzos de las paredes y otras obras necesarias para el ornamento de la scuola y la iglesia anexa, para lo que pidió una compensación anual vitalicia de cien ducados.
La obra de Tintoretto en la Scuola se prolongó durante más de veinte años. Agostino Carracci hizo en 1589 un famoso grabado de esta obra. John Ruskin definió esta obra como «superior a todo comentario y a toda alabanza». La obra denota la influencia de Miguel Ángel, tanto en la composición como en la plasticidad de las figuras. El retablo de la Sala Grande con las 24 historias de san Roque, obra de Giovanni Marchiori (1743), está considerado como uno de los mejores exponentes de la escultura veneciana del siglo XVIII.
En el XVIII se hicieron diversas intervenciones en la sala: en 1741 se sometieron a una limpieza; en 1777, Antonio Maria Zanetti aconsejó la sustitución de algunos lienzos del techo por copias, aunque su solicitud no fue atendida; en 1778 se hizo una restauración, en la que los paneles romboidales fueron repintados por un discípulo de Giovanni Battista Piazzetta llamado Angeli. Tintoretto realizó ocho lienzos para esta sala entre julio de 1583 y agosto de 1587. La mayoría representa escenas de la vida de la Virgen y la infancia de Cristo, además de dos representaciones de María Magdalena y María Egipcíaca.